センター試験を受けていたドリキャス、サターン、メガドラの3人は、突如現れたDr. エッグマンにシステムを乗っ取られ『ボーダーブレイク』の世界に閉じ込められてしまう。 ブラストランナーを奪われた上、手乗りサイズにまで体を小さくされてしまった3人は絶体絶命の危機に。しかし、このピンチに現れたのは、音速で駆ける救世主・ソニックだった。