「セハガガ学園」に通うドリキャス、サターン、メガドラの3人。 初めての授業で『バーチャファイター』の世界に入ったものの、卒業に必要な単位メダルを獲得するには"百人組手"に勝利しなければならないという。 アキラやジェフリーといった強敵が次々と立ちはだかる中、なぜかフリッキーやムシキングなど、違うゲームのキャラクターまで乱入してきてしまう。